La navigation à l'intérieur du détroit avec des bateaux à voile est périlleuse et incertaine. La désertion du San Antonio n’augure rien de bon : le navire enfermait dans ses cales la plus grande partie des vivres. Quand enfin, un passage est découvert vers le large, la satisfaction d’avancer sur une mer où nul n’a encore navigué est de courte durée. La traversée du Pacifique qu’ils entament va être dantesque. Pendant plus de trois mois, ils ne vont rencontrer aucune île, aucune terre, où ils pourraient se ravitailler. À bord, les hommes sont de plus en plus affamés et affaiblis par le scorbut. Magellan est en proie au doute : l’archipel des Moluques était-il bien de plein droit portugais et non espagnol comme il l’a promis au roi d’Espagne ?